咖啡由德国传教士于1904年带入卢旺达，不过要到1917年卢旺达的咖啡产量才大到足以外销。第一次世界大战之后，国际联盟托管委员会撤销德国对卢旺达的殖民权，并将托管权交给比利时。因此一直以来对卢旺达的咖啡都外销到比利时。
第一棵咖啡树是种在Cyangugu省的地Mibirizi修道院，此地也称为卢旺达第一个咖啡品种的名称，也就是波旁种的变种。之后咖啡种植主见扩散到Kivu区，最后延伸到卢旺达全国。到了20世纪30年代，咖啡开始成为生产者必备的农作物，正如比利时另一个殖民地布隆迪的情况那样。
比利时政府严格管控外销并对咖啡农抽取高税金，迫使卢旺达走向高产量、低质量的低价咖啡生产。正因为卢旺达的外销出口极小，咖啡对农民的影响力与重要性相对过大。卢旺达的基础设备相当有限，因此生产出优质咖啡并不容易，境内甚至一度没有咖啡湿处理厂。
到了20世纪90年代，咖啡已成为卢旺达最值钱的外销农产品，却也发生了几乎摧毁咖啡产业的大事。1994年的种族灭绝事件使近100万人失去性命，加上全球咖啡价格骤降，对咖啡产业造成巨大冲击。
咖啡产业对卢旺达复苏的影响
经过种族灭绝事件后，咖啡的生产为卢旺达整体复苏带来积极的影响。全球焦距于卢旺达再加上国外的援助，咖啡产业开始得到极大的重视。境内有了新的湿处理厂，人们开始专注于高质量的咖啡生产。政府对咖啡产业的态度更为开放，全球精品咖啡买家也对此地的咖啡产生了浓厚兴趣。卢旺达是非洲唯一举办过卓越杯竞赛的国家，借着卓越杯的在线竞标系统，买家得以找到最优质的咖啡批次，进而推广到市面上。
境内的第一个湿处理厂在美国国际开发署（USAID）的协助下兴建2004年，之后更如雨后春笋般出现。如今卢旺达约有300家湿处理厂。
卢旺达农业促进联合伙伴计划（简称PEARL）也成功地分享知识并培训出年轻的农艺家，此计划最后演变为促进农乡企业发展可持续伙伴计划（简称SPREAD），两个计划的重心都放在Butare产区。卢旺达被称为“千丘之国”，境内有得以种植优异咖啡的纬度和气候条件。但因多处土壤贫化加上运输困难，大大增加了生产成本。
当咖啡价格在2010升高时，卢旺达（以及其他许多国家）面临极大挑战———咖啡生产没有足够的动力提升质量，这是因为当市场愿意以高价购买咖啡时，即便是低质量的咖啡也有办法获利。如此一来咖啡农便找不到花钱提升质量的理由。然而近年来卢旺达的咖啡都特别优异。即便卢旺达种有并外销小部分的罗布斯塔，但是多数都是经水洗处理法的阿拉比卡。
这类特别且不常见的咖啡劣质气息仅出现于布隆迪和卢旺达的咖啡，因一种不知名的细菌侵入了咖啡的果皮而产生一种毒素。这对人体并没有伤害，但是这类有缺陷的咖啡豆经烘焙磨成粉后会产生一种容易辨别且强烈的怪异气味，让人直接联想起削马铃薯皮时的味道。这仅会影响特定的几颗咖啡豆，因此若找到几颗这类的咖啡，并不表示整袋咖啡都会受影响，除非全部皆以磨成粉。
要完全根据这种气味并不容易。一旦采收后处理过程结束，这样的气味就无法辨别，在咖啡烘焙前也没办法发现这个问题。即便烘焙后仍必须等到缺陷豆磨成粉后才能发现。在采收后处理咖啡果的过程中，可从果皮是否破裂来移除可能受感染的果实，研究人员正多方面着手寻找消除此缺陷的方式。
咖啡口感
产自卢旺达的优异咖啡多半带着新鲜果香，让人联想到红苹果与红葡萄。莓果味与花香味也十分常见。
当地品种
Mibirizi
这是当初自危地马拉取得波旁种咖啡树一个卢旺达修道院的名字。Mibirizi是波旁自然变种，在此修道院被发现。最初生长在卢旺达，之后再20世纪30年代散播到布隆迪。
Jackson
这是另一个波旁种变种，同样最初生长在卢旺达，之后散播到布隆迪。
