咖啡树不仅会被植物疾病危害，还会遭遇不同的虫害危机，昆虫通常都会破坏咖啡豆病降低其密度，被虫咬过的咖啡会更容易遭受真菌或其他微生物的感染。而遭受感染的咖啡树，不仅会降低产量，还会影响产出的咖啡风味与香气。
咖啡果小蠹
蠹虫这种小甲虫是咖啡种植区严重危害咖啡生产的害虫，它将卵产在咖啡果实里，刚孵化的小蠹会食用咖啡果实，幼果被蛀食后引起真菌寄生，造成腐烂、青果变黑、果实脱落。
因此咖啡树不但会因为果实在未熟时就掉落，导致可收成的果实减少，整体产量严重亏损，还会因为蠹虫破坏该株咖啡树产出果实的品质，进而影响其商业价值。如果遭虫破坏得很严重，会让咖啡有苦味、柏油味或负面发酵味，遭蠹虫破坏的咖啡可能会在导致烘焙不均，导致风味上再度受到负面影响。
如今，原生于非洲的咖啡果小蠹已遍布全球咖啡产国，它经常给一些咖啡生产国造成很大的损失。
咖啡潜叶虫
咖啡潜叶虫主要分为两种：南美潜叶虫Leucoptera coffeella、非洲潜叶虫Leucoptera caffeina。
潜叶虫会影响咖啡树的叶子，哥伦比亚咖啡研究指出，潜叶虫的幼虫会吃咖啡树的叶子，如果一片叶子同时有数只潜叶虫，可能会让高达90%的结构坏死。坏死来自细胞的死亡，会出现深色水斑或棕色的斑点。
落叶也会影响植物的光合作用，如果没有光合作用，植物就不能正常生长，导致果实无法成熟导致整体产量降低。如果冲煮这些未熟豆或是死豆，会导致咖啡有苦味及涩味。
蚧虫
蚧虫是以各种树木和植物为食的昆虫，它们会攻击咖啡树的许多部位，包含枝条、节点、叶子、根及花等。它们以咖啡树的汁液为食，分泌一种会吸引蚂蚁的粘性物质，这种物质会形成覆盖叶子的黑霉菌，造成光合作用的减少。
咖啡树液被吸取、光合作用的减少，都会让咖啡树产出较轻以及未熟的咖啡豆，导致咖啡喝起来有涩味、金属味或苦味。
线虫
线虫是一种很小且外观很像蠕虫的寄生虫，有数种线虫会破坏树根以吸取树液，线虫会在根部结成块，导致植物无法正常吸收水分与养分。
遭线虫感染的咖啡树会导致根部减少，让咖啡树落叶导致营养不良，这可能会导致低产量以及品质较差的咖啡豆。
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