印度尼西亚群岛在咖啡种植上的首次尝试便遭受挫折。1696年，雅加达（当时名为Batavia）总督收到印度马拉巴荷兰总督所赠予的咖啡树苗当礼物，不过这些新树苗却在雅加达一场洪水中丧失殆尽。第二批树苗则是在1699年送到，这一次，这些咖啡树蓬勃生长。
印度尼西亚咖啡的外销始于1711年，当时是荷兰东印度公司（Vereenigde Oostindische Compagnie，简称COV）管理。运送到阿姆斯特丹的咖啡可以卖到相当高的价格，一千克的售价将近每人年均收入1%。即使咖啡价格在18世纪下跌，毫无疑问，对VOC来说，咖啡可谓摇钱树。不过当时的爪哇岛是在殖民统治下，因此对咖啡农可一点好处都没有。1860年，一位荷兰殖民官员写了一部小说《马克斯·哈弗拉尔：或荷兰贸易公司的咖啡拍卖》，描述了殖民体制如何滥用。这本书为荷兰社会带来深远的影响，使大众对咖啡贸易与殖民体制开始有所了解。现今，马克斯·哈弗拉尔已经成为咖啡产业的一种道德认证。
印度尼西亚一开始仅生产阿拉比卡，不过咖啡叶锈病在1876年流行，只能将许多咖啡树铲除。有人尝试改种Liberica品种，但同样男对叶锈病免疫。因此众人开始改种对疾病有抵抗力的罗布斯塔。现今，罗布斯塔仍然占印度尼西亚咖啡的绝大多数。
湿剥除法
印度尼西亚咖啡豆的制作特点，也是使印度尼西亚咖啡口感可以如此变化多端的原因之一，这在于采收后所使用的湿剥除法。这是融合水洗与日晒处理法的元素而形成的咖啡处理过程（生豆精制处理Processing（下））。这种半水洗过程对咖啡质量有至关重要的影响。因为一旦跳过此程序，咖啡的酸度便大大降低，但似乎同时增添醇厚度，创造一种口感柔顺、圆润、醇厚的咖啡。
这样的方式也为咖啡带出多样化的口感，有时充满植物或药草香气，或带着木味、霉味或土壤气息。但这并不表示所有使用这个方式处理的咖啡都有相同的质量和口感。这类咖啡的质量差异甚大；半水洗咖啡口感的分歧在咖啡业内是出名的。倘若来自非洲或中美洲的咖啡出现这样的风味，不论过程多严谨，都会被视为瑕疵品，立即遭潜在买家拒绝。然而许多人却认为这样浓郁而醇厚的印度尼西亚半水洗处理的咖啡相当美味，因此业界购买欲望仍然兴旺。
近几年来，精品咖啡买家开始鼓励印度尼西亚的咖啡生产者尝试以水洗法处理咖啡豆，以便使品种本身以及产地风味（而非仅是来自处理手法）得以显露。
猫屎咖啡（Kopi Luwak）
在印度尼西亚，猫屎咖啡指的是收集吃了咖啡果实的麝香猫粪便而制成的咖啡。这类仅半消化的咖啡果实在与粪便分离后，会经处理而后干燥。过去10年，这类咖啡被视为新奇有趣，加上某些人毫无根据地宣传此类咖啡口感绝妙，因此猫屎咖啡得以卖出高价，继而造成两大问题。
首选，这类咖啡的伪造司空见惯。市面上售卖的数量远超过于实际生产量，而且多数由等级低的罗布斯塔冒充。
其次，这样的风潮也鼓励了岛上的商人非法捕捉并囚禁麝香猫，强迫喂食咖啡果，而且动物生存环境相当恶劣。
产区
苏门答腊：
苏门答腊岛上有三个主要产区：北部亚齐省、略往南的多巴湖区域。近年来咖啡也被种植在南部的Mangkuraja周边。
过去常见的“苏门答腊曼特宁”为名销售的咖啡。曼特宁不是地名，而是岛上的一个族群。曼特宁多半会带着数字等级，像1或2，这样分级基本上是根据杯测质量而非生豆（较为普遍的分级方式）。
苏门答腊的咖啡品种名称可能有些难懂。大部分阿拉比卡的种子最初应该都源自也门的帝比卡株种。在苏门答腊，这类咖啡多半称作DjemberTypica，但也要特别注意，Djember也是在苏拉威西岛上发现的另外一个完全不同品种的名称。在此有一个常见的情况，不同品种在不同时期多半都曾与罗布斯塔杂交过，其中最有名的要属Hybrido de Timor，也就是更常见的卡帝莫品种之母种。在苏门答腊此品种又称Tim Tim.
老布朗爪哇（陈年曼特宁）：
有些位于爪哇的咖啡庄园选择在出口前让咖啡先行熟成最多五年时间。咖啡生豆的颜色会从一般半水洗程序的蓝绿色转变为棕土色。经过烘焙后，咖啡变得毫无酸度，留下的仅是某些人会欣赏的浓郁辛辣与木质气息。
爪哇：
在爪哇岛上找到咖啡庄园要比其他岛来得简单。原因一方面在于此区的殖民历史，另一方面则在于这是荷兰人惯有的做法。岛上四个最大的农场，总面积达4000公顷。
